Existen muchas teorias acerca de los origenes del Ninjutsu, es dificil saber con exactitud su inicio. Las personas que trajeron este arte consigo jamas se denominaron o etiquetaron bajo el nombre de Ninja, este nombre como tal no existia de esta forma, estas personas eran practicantes religiosos, politicos y estrategas militares, que fueron culturalmente opositores de la mirada convencional del inquisidor y violento Japon feudal regido por un codigo de muerte antes del deshonor, todo lo contrario al estilo de vida e ideales que las familia Ninjas querian llevar, viviendo en paz y armonia con la naturaleza.
Pasaron muchos años para que el Ninjutsu fuese considerado un sistema de conocimiento propio. Este arte fue desarrollado en sus origenes con mucho misterio, ya que era considerado por la elite samurai como una cultura ilegal aunque despues se sirviera de este para propositos militares, por muchos siglos causa confusion en la historia por estar oculto en su practica.